
パステリア国の片隅にある小さな村、ペレト村。
三年前の彗星接近以来、村は突如現れた「ビースト」達から襲撃を受け、
現在では「ビーストハンター」の力を借りて、村の平穏をかろうじて守っていた。
アイルは、まさにその「ビーストハンター」としてペレト村に滞在し、襲い来るビースト達と戦っている。
とある日、幾度目かの襲撃を受けたアイルは、いつになく強いビーストと戦い、これに勝利した。
そのビーストは付近のボスとも言える存在で、役目を果たしたアイルは人々に別れをつげ、故郷のリコ村へ向けて旅立った。
ペレト村からリコ村へ向かう道すがら、アイルは曲技団の少女達と出会う。
少女の名前はレイファ。曲技団の仲間であるジーナたちと一緒にリコ村へ向かう途中であった。
襲撃してきたビーストを撃退し、先に逃がした曲技団一行に遅れてアイルが到着したとき、リコ村は帝国軍に襲撃され、変わり果てた有様となっていた。
アイルはレイファ達を助けようと、村の広場に駆けつける。
そこには、不敵に笑う帝国軍の青年将校がいた。
その時、不意に幼いころの情景がフラッシュバックした。
妖魔に惨殺されたアイルの父親。
その妖魔を操っていた少年の面影が、眼前にいるリーダーらしき青年の姿に重なる――。
怒りに我を忘れ、追い続けていた敵に突進したアイル。しかしその前に立ちふさがった帝国軍のリゼルコマンド、ガソに圧倒的な力の差で敗北する。
「くたばれ!」
とどめをさされそうになった瞬間、レイファのペンダントを握り締めたアイルの体をまばゆく光るオーラが包んだ。
覚醒。アイルの身体にこれまでに感じたことのない力がみなぎる。
リゼルとなったアイルは、ガソと再戦し、これを退けた。
しかし、力を使い果たし、レイファ達を連れ去る帝国軍をそれ以上追うことはかなわなかった――。

ザフナム帝国にあるリゼル研究所につれてこられたレイファは、ジーナを助けるために収監室を出て、研究所の中をさまよう。
しかし、それはレイファの能力を確かめるためのザフナム軍の策略だった。実験室に閉じ込められたレイファは、リゼルの力を見せるよう要求されるが、かたくなに拒否する。すると、軍は聖炎を使わないと倒せないビーストをはなち、無理やりレイファに聖なる力を発動させるのだった。
力尽き、倒れたレイファを見て、軍医のマリオンが責任者のゼミールに実験の中止を求める。
再び収監されたレイファのもとに、リコ村でリゼルコマンドを率いていた男が現れる。男はレイファにペンダントを返し、「君をずっと探していた」と告げて出て行く・・・・・・

ザフナム軍の軍医であり、リゼルでもあるマリオンは、上官であるゼミールに煙たがられ、ドミナス特命大佐の下への異動を命じられる。
ドミナスの指令は、ラスティマ群島にあるレスター島を探索し、ラナ文明遺産を発見することであった。マリオンはドミナスの最終目標が「人工太陽」などの、ラナ文明を有効利用し、戦争をなくすことであることを聞き、喜んで任務を引き受ける。
パステリアの首都シャゼルに入ったマリオンは、カフェで傍若無人に振舞っていたザフナム軍の兵士達を懲らしめる。そのとき、クリーフという不思議な人物がマリオンに加勢するが、実は彼もドミナスの指令のもと動く人間だった。マリオンは、クリーフからキール洞窟を行くルートを教えられる。