リゼルクロス -STORY / 物語 -

モンセル市のリゼル研究所を目指していたアイルは、そこから逃げてきたレイファとクド樹海で再会、追っ手のガソを二人で倒す。
レイファは、物心ついたときから不思議な力を使えたことや、研究所でのユリウスの様子を語り、アイルは、ザフナムの情報に詳しいダンテのことを教える。そして再び、二人はそれぞれの道へ進んで行く。
ユリウスは、クド樹海のはずれで待ち構えていた。 アイルは、父親を殺された12年前の事件について問い詰め、ユリウスに切りかかる。しかし、ユリウスが妖魔グラファスを召喚すると、幼いころの強い恐怖が蘇り、体が動かなくなってしまう。アイルにできたのは、傍らの激流に飛び込んで逃げることだけだった。

モランを殺したボルクを見つけるため、ギルティ・ヘブンに入ったゼスは、この街に詳しいニックという青年と出会う。ニックから闘技場でのタイトルマッチに勝てばボルクに会えることを知り、ゼスは早速エントリーに向かう。
予選を次々と勝ち抜いたゼスは、チャンピオン・ロイへの挑戦権を得るが、再び現れたニックは、まともに戦ってもロイには勝てないと告げるのだった･･････

ゼスはニックと手を組み、ロイへの対処法を教えてもらう。ニックは、ボルクが持つ宝石を手に入れるという目的を持っていた。
ロイを倒して新チャンピオンになったゼスに、ボルクから呼び出しがかかった。
ゼスは、ニックとの連携プレーで宝石を奪い、モラン殺しの件でボルクを締め上げる。モランの殺害はボス・ギルモアの命令によるものだった。
闘技場を出ようとしたゼスとニックの前に、ギルモアの用心棒でギルティ・ヘブン最強の女リゼル、ライザが立ちはだかる。ゼスはライザに叩きのめされるが、ニックが落とした宝石に偶然触れ、リゼルへと覚醒した。
何とか闘技場を脱出した後、ニックは自分がパステリアのレジスタンスであることを告げる。ゼスは、ほとぼりが冷めるのを待つ間、ニックと共にシャゼルへ行き、レジスタンスに協力することを約束するのだった･･････

新たにチャーターした漁船で、ようやくレスター島に到着したマリオンは、漁師の不安をよそに密林の中へ分け入った。
密林の奥にラナ文明の遺跡を発見したマリオンは、内部の探索を開始する。
複雑なダンジョンを踏破したマリオンは、厳重に封印された箱を発見する。その箱にはラナ文字が書かれており、一部は解読できたが、全てを理解することはできなかった。マリオンは、ここで一旦探索を打ち切り、謎の箱をザフナムに持ち帰ることに決める。
マリオンがポルトマに戻ると、埠頭にいたチンピラたちが、持ち帰った物を渡すよう迫ってきた。
無事チンピラたちを撃退したものの、マリオンは、相手の身のこなしから、彼らがただのチンピラではなく、兵士であったことを感じ取り、疑念を抱くのであった……

メロップ山のふもとでアイルと再会したマリオンは、アイルがラナ文明研究の権威であるエプリオ博士を訪ねようとしていることを知り、自分も同行する。
アイルはエプリオ博士から、自分の剣が本来二本で一対の双子剣「ジェミニライツ」であることを聞かされた。自分もラナ文明について勉強したいというアイルの言葉に博士は喜ぶが、マリオンが持ってきた謎の箱を見ると、集中して解読したいと二人を部屋の外に出してしまう。
二人きりになると、マリオンはアイルの父の後を継ぐという考えは、本来すべきことから逃げているのではないかと指摘する。アイルは反発するが、いつの間にかエプリオ博士の気配が消えていることに気づいた。
二人が箱を持ったまま山頂に向かったエプリオ博士を追いかけて山を登った。頂上では、博士が謎の箱を噴火口に投げ捨てようとしていた。箱の正体は、人間と融合する性質のあるビーストを封印した「ギグボックス」であり、ビーストが復活せぬよう箱を廃棄しようとしたのだった。
そのとき、ゼミールの命を受けたデリラとベムの強奪部隊が現れる。アイルたちは何とかデリラを倒すが、ベムにギグボックスを持ち去られてしまう。マリオンは身分を偽っていたことを詫び、ギグボックスを取り返すためザフナムに戻っていった。
一方、アイルは自分が本来すべきことから逃げていたことを認め、まずはジェミニライツを奪ったマフィアを探すため、ギルティ・ヘブンを目指す。
マリオンの報告を聞いたドミナスは、ギグボックスをゼミールから戻してもらうようカサンドラ元帥に働きかけることを約束する。
マリオンは、ゼミールへの怒りを新たにするが……