リゼルクロス -SYSTEM / システム紹介 -

プレイヤーはメニューコマンドの「リゼルマッピング」で、リゼルの特殊能力を使用した必殺技の習得や、キャラクターのステータスアップなどを行うことができる。
戦闘で勝利するかミッションを成功させると入手できる「ジェムポイント」をためると、「リゼルジェム」が手に入る。この「リゼルジェム」セットして、キャラクターの基礎能力や属性、必殺技などをカスタマイズしよう。
なお、「リゼルジェム」をセットするプレートは、各キャラクター同士重なり合っており、重なり合った箇所にジェムをセットすると協力しての技となる「クロスアーツ」を覚えることもできる。

ミッションパートとは、物語の中で、各主人公達が持つ超能力を駆使して挑戦することになるパートのことである。
パズルのような謎解き要素、敵に見つからないように隠れながら目的の達成を目指すアクション要素など、時には一人で、時にはそれぞれの能力を活かして協力しながら、ミッションを進めることができる。